سرهنگ برای سربازان مسکن و سربازخانه می‌ساخت و سیستم‌های آبیاری طراحی می‌کرد.  به گفته دخترش، از انقلاب ترسی نداشت چون هیچ خطایی مرتکب نشده بود.

اطلاعات مربوط به زندگی و اعدام سرهنگ محمد باقر لطیفی مقدم تهرانی مهندس ارتش و پدر چهار فرزند از خاطرات دخترش افشینه لطیفی تحت عنوان "حتی بعد از اینهمه وقت" (انتشارات ریگان در نیویورک به سال ١٣٨٤) و روزنامه کیهان مورخ ٥ خرداد ١٣٥٨ گرفته شده است.

سرهنگ محمد باقر لطیفی مقدم تهرانی همچنین یکی از کسانی است که نامش در فهرست عفو بین الملل به تاریخ ١٣ مارس ١٩٨٠(٢٢ اسفند ١٣٥٩ ) تحت عنوان "قانون و حقوق بشر در جمهوری اسلامی ایران" درج شده اشت. این گزارش فهرست متهمانی است که از ابتدا تا ٢١ مرداد ١٣٥٨ توسط دادگاه انقلاب محکوم شده‌اند. فهرست قربانیان و اتهامات از منابعی چون ترجمه اعلام جرمها، گزارشات دادگاهها توسط رسانه‌های داخلی و خارجی، و اعلانات گزارشات رسمی خبرگزاری پارس گرفته شده است.

سازمان‌های بین المللی حقوق بشراشاره به گزارش هایی می کنند دال بر اینکه مقامات جمهوری اسلامی افرادی رابر مبنای اتهامات کاذبی از قبیل قاچاق مواد مخدر یا ارتکاب جرائم عمومی و جنسی دیگر اعدام کرده‌اند. شمار دقیق افرادی که بر اساس اینگونه اتهامات کاذب محکوم شده اند معلوم نیست.

بنابر گفته دخترش، سرهنگ لطیفی در سن ١٨ سالگی در زمان شاه به ارتش پیوست. او فوق لیسانس مهندسی داشت. در طول دوره خدمتش به عنوان مهندس ارتش در شهرهای مراغه، مهاباد، و کرمانشاه خدمت کرد. وی مسـول ساختن سربازخانه‌ها، طراحی پلها، ساختن خانه برای سربازان، و طراحی امکانات آبیاری بود. خانواده‌اش در سال ١٣٥٥ در تهران ساکن شدند. در تهران وظیفه فرماندهی واحد مهندسی گارد شاهنشاهی به سرهنگ لطیفی واگذار شد.

دخترش بخاطر دارد که سرهنگ لطیفی بعد از انقلاب نپذیرفت که از کشور خارج شود. استدلال می‌کرد که چون یک مهندس بوده و جرمی مرتکب نشده است، از بازخواست در امان خواهد بود.

بنا به گفته دختر سرهنگ لطیفی، مقامات جمهوری اسلامی بعد از اعدام وی درگیر "جنگی روانی" با خانواده‌اش شدند. همسر و چهار فرزند او را غالبا مورد آزار قرار می‌دادند. خانه و خودروی آنها به دفعات مورد تفتیش پاسداران قرار می‌گرفت. بعد از اعدام وی، یک نسخه از وصیتنامه او توسط یکی از هم سلولیهای سابقش به خارج از زندان راه یافت و در اختیار همسرش قرار گرفت. در این وصیتنامه، او تمامی اموالش را به همسر و فرزندانش بخشیده بود. با این وجود، به گفته دخترش، مقامات از احترام گذاشتن به مفاد این وصیتنامه سرباز زده‌اند.

دستگیری و بازداشت

بنابر گفته خانواده سرهنگ لطیفی، روز ٢٤ بهمن ١٣٥٧ گروهی از مشمولان خدمت سربازی او را در سربازخانه فرح آباد تهران دستگیر کردند. اسلحه او را گرفتند و توسط سه مرد تا جیپ سربازی بردند. وی تقاضا کرد که کلیدها و دفترچه چک‌اش را به همسرش بدهند. سربازانی که این اقلام را به همسرش رساندند، خبر دستگیر او را دادند. این سربازان هیچ اطلاعات دیگری درباره دستگیری وی ندادند.

مقامات اطلاعی درباره محل نگهداری سرهنگ به خانواده‌اش ندادند. بعد از روزها جستجو، همسرش محل نگهداری او را پیدا کرد. مدرسه علوی دبیرستانی بود که به بازداشتگاه مبدل شده بود. به وی اجازه ملاقات ندادند.

ارتباط سرهنگ لطیفی و همسرش از طریق یادداشتهایی بود که توسط نگهبانی که رشوه گرفته بود، رد و بدل می‌شد. این ارتباط بخاطر انتقال سرهنگ ابتدا به زندان شهربانی و بعد زندان قصر، قطع شد. او بار دیگر قادر شد تا ارتباطش را از طریق یادداشتهای قاچاقی برقرار کند. تا اینکه بنابر گفته‌ای هر دو مچش در یک بازجویی شکست.

معلوم نیست که دقیقا چه مدت از ملاقات محروم بوده است. گفته شده است که هر بار پیش از اینکه خانواده وی را از ملاقاتش محروم کنند، آنها را ساعتها در مقابل درب زندان منتظر می‌گذاشته‌اند. زمانی که سرانجام اجازه ملاقات با خانواده‌اش صادر شد، ملاقاتها در حضور یک نگهبان که صحبتها را زیر نظر داشت، برگزار می‌شد. ملاقاتها در اتاق بزرگی که توسط یک راهرو به دو قسمت تقسیم شده بود، انجام می‌شد. هر قسمت دیوار کوتاهی داشت که تا سقف با میله‌های آهنی بسته شده بود. در یک نوبت که به سرهنگ لطیفی اجازه درآغوش کشیدن دخترش داده شده بود، بخاطر درگوشی صحبت کردن دخترش، او را جدا کرده و در راهرو کشاندند. سرهنگ لطیفی در مابقی دوره بازداشتش در زندان قصر نگهداری می‌شد.

دادگاه

سرهنگ لطیفی حدود سه ماه پس از دستگیری در اردیبهشت ماه ١٣٥٨توسط دادگاه انقلاب مرکز محاکمه شد. هیچیک از منابع خبر در این مورد ذکری از حضور وکیل مدافع در طی دادرسی نکرده اند.

در غیاب فرایند استیناف خانواده سرهنگ لطیفی تلاش ناموفقی کرد برای توسل به آیت الله خمینی.

اتهامات

اتهامات علیه سرهنگ لطیفی از خاطرات دخترش، گزارش عفو بین الملل، و روزنامه کیهان برداشت شده‌ است.

بنابر گفته خانواده و نوشته کیهان، سرهنگ لطیفی به "چندین فقره قتل" متهم شده است. این اتهامات از تظاهراتی که در شهریور سال ١٣٥٧ برگزار شد و طی آن تعدادی از تظاهر کنندگان ضد شاه بر اثر شلیک تفنگ کشته شدند، ریشه گرفته است. بنابر گزارش کیهان، سرهنگ لطیفی به همراه متهم دیگری بنام آقای محمود معمار جمعی متهم شده‌اند. روزنامه گزارش کرده است که " سرهنگ محمد باقر لطیفی مقدم تهرانی فرمانده گردان مهندسی در لشگر پیاده گارد مستقر در پادگان فرح آباد سابق و استوار یکم محمود معمار جمعی این گردان بجرم شرکت فعالانه در کشتار و همچنین صدور دستور تیر اندازی بسوی مردم حق طلب جنوب تهران و خیابان شهناز در روز ١٧ شهریور (جمعه سیاه) مفسد فی الارض شناخته شدند و به اعدام محکوم گردیدند." روشن نیست که آیا سرهنگ لطیفی بخاطر هر دو اتهام دستور شلیک دادن و کشتن تظاهرکنندگان متهم شده است و یا اینکه تنها به یکی از این دو اتهام متهم شده است.

عفو بین الملل با استفاده از گزارشات رادیو و تلویزیون به انتشار اتهامات سرهنگ لطیفی پرداخته است. اتهامات سرهنگ لطیفی چنانکه در گزارش عفو بین الملل آمده است، عبارتند از: "مفسد فی الارض، جنگ با خدا و رسول خدا و نایب امام زمان، جنگ علیه نماینده امام دوازدهم، مانع طرق خدا و ارزشهای اسلامی، تلاش برای محروم کردن مردم از خواستهای حقیقی‌شان، آلوده کردن هر چه که مقدس است (چه مذهبی و چه ملی) برای مردم اسلام و جهان، سد راه خدا، مبارزه علیه مرام اسلامی، خیانت علیه امت اسلام، قتل عام، کشتار مردم بی‌گناه، کشتار در حین تظاهرات، کشتن افراد ناشناس در تظاهرات، کشتن آزادی خواهان، کشتن مسلمانان، دستور آتش دادن به سربازان، فرستادن سربازان، سرکوب تظاهرات، سرکوب تظاهرات ملی و مذهبی، تنبیه تظاهر کنندگان، خیانت."

در شرایطی که حداقل تضمین های دادرسی رعایت نمی شود و متهمین از یک محاکمه منصفانه محرومند، صحت جرایمی که به آنها نسبت داده می شود مسلم و قطعی نیست.

مدارک و شواهد

در کلیه گزارشات این اعدام نشانی از مدارک ارائه شده علیه متهم نیست.

دفاعیات

در گزارشات رسمی اعدام سرهنگ لطیفی هیچ اطلاعی از دفاعیات وی در دست نیست. اما خاطرات دخترش به ذکر شرایط دفاع سرهنگ لطیفی می‌پردازد.

سرهنگ لطیفی هرگونه درگیری در قتلها را انکار کرد و گفت که در زمان تظاهرات ١٧ شهریور او به همراه خانواده‌اش در ویلایی کنار دریای خزر به گذراندن تعطیلاتش مشغول بوده است. او به محاکمه شدن در دادگاه انقلاب اعتراض کرد و گفت که مرجعیت آنرا قبول ندارد. چرا که او یک افسر ارتش است و می‌بایست در دادگاه نظامی محاکمه شود.

همسرش کوشید تا با جمع آوری پرونده‌ای شامل مدارک نبودنش در زمان تظاهرات، او را از اتهامات وارده تبرﺋه کند. او اظهار داشت که سرهنگ در طی اقامتش در ویلای شمال یک نوع مسمومیت شدید معده داشت و به بیمارستان برده شده بود. او برای دادگاه صورت حساب هتل، گواهی ثبتی بیمارستان، و رسیدهای رستوران را فراهم کرد. مقام زندان ابتدا از دیدن این پرونده خودداری ورزید. اما پس از آنکه همسر سرهنگ برای چند روز به ملاقاتش رفت، مدارک را پذیرفت. آنها را گرفت و پاره پاره کرد و گفت: "می‌توانی تمام مدارکی که می‌خواهی برایم بیاوری....می‌توانی صفحات زیادی را گواهی و ثبت کنی....اما وقتت را تلف می‌کنی."

یکی از مقامات حاضر در دادگاه بعدا به خانم لطیفی گفت که چطور همسرش مشروعیت دادگاه را به رسمیت نشناخته و خواستار حضور همسرش شده بود. این مقام گفت که در پاسخ این تقاضا "ما فقط به او خندیدیم. همه ما به او خندیدیم."

حکم

روزنامه کیهان گزارش کرد که سرهنگ لطیفی مفسد فی الارض شناخته شد و به مرگ محکوم شد. بنابر گفته خانواده‌اش، او شب اعدام همسرش را برای آخرین بار دید. به همسرش چشم بند زدند و او را به اتاقی بردند که معروف به اتاق مفسد فی الارض بود. او اتهاماتش را برای آخرین بار رد کرد و گفت: " تو می دانی که هیچ کار نادرستی نکرده‌ام." همسرش در تایید گفت : "می دانم." و پاسخ شنید: "لطفاً به فرزندانمان بگو که هیچ گناهی نداشتم."

گزارش بعداً افزود که حکم او روز ٣١ اردیبهشت ماه ١٣٥٨در تلویزیون اعلام شد.

سرهنگ لطیفی ساعت ٥/١١ شب دوم خرداد ماه ١٣٥٨ در پشت بام زندان قصر تیرباران شد.