دادگاهها
دادگاههای انقلاب اسلامی ، ۱۳۵۷ تا ۱۳۷۳
در فردای انقلاب ۲۲ بهمن ۱۳۵۷ ، دادگاه ویژه‌ای تحت عنوان دادگاه فوق‌العاده انقلابی تشکیل شد که هدف آن محاکمه سران و مقامات رژیم شاهنشاهی بود. هیچ گونه آیین دادرسی خاصی برای این دادگاه مقرر یا تدوین نشد. طی حکم مورخ ۵ اسفند ۱۳۵۷، آیت‌الله خمینی یکی از معممین را به عنوان حاکم شرع تعیین و به او امر کرد "حکم شرعی" صادر کند. بدین ترتیب زیربنای این دادگاههای اختصاصی پایه ریزی شد.
در بدو امر، صلاحیت دادگاههای انقلاب بر مبنای تفسیر شخصِ حاکم شرع از شریعت اسلام (مبتنی بر تعالیم قرآن، سنت پیامبر و دوازده امام، و نیز آرای علمای شیعه) تعیین می‌شد. در۲۷ خرداد ۱۳۵۸، آیین دادرسی دادگاهها و دادسراهای انقلاب، که تنها برخی از مفاد آن [و آن هم در موارد خاص] اعمال می‌شد، صلاحیت و ترکیب این محاکم را تعیین نمود. صلاحیت این دادگاهها طیف گسترده‌ای از جرائم را شامل می‌شد، از جمله محاربه، افساد فی الارض، جرائم مربوط به امنیت ملی و بین‌المللی، جرائم اقتصادی، قتل، احتکار، فحشا، تجاوز به عنف، و جرائم مربوط به مواد مخدر. این قانون مقرر کرده بود که دو تن از قضات اصلی دادگاههای انقلاب، روحانی باشند.
دادگاههای انقلاب اسلامی، ۱۳۷۳ تا ۱۳۸۱
با تصویب قانون تشکیل دادگاههای عمومی و انقلاب مصوب ۱۵ تیر ۱۳۷۳ و‌‌آیین دادرسی کیفری دادگاههای عمومی و انقلاب مصوب ۲۸ شهریور ۱۳۷۸، یک آیین واحد، مبنای دادرسی در دادگاههای عمومی و انقلاب شد. صلاحیت دادگاههای انقلاب نیز به شش دسته از جرائم محدود گردید: ۱- جرائم علیه امنیت داخلی و خارجی، محاربه و افساد فی‌الارض ۲- توهین به بنیان گذار جمهوری اسلامی آیت‌الله خمینی و رهبر انقلاب ۳- توطئه علیه جمهوری اسلامی ایران، اقدام مسلحانه و ترور و تخریب موسسات ۴- جاسوسی ۵- کلیه جرائم مربوط به قاچاق و مواد مخدر ۶- دعاوی مربوط به اصل ۴۹ قانون اساسی (جرائم اقتصادی).
۷- همچنین بر اساس ماده ۱۱ قانون نحوه مجازات اشخاصی که در امور سمعی و بصری فعالیت غیر مجاز دارند، رسیدگی به جرایم این قانون از جمله انتشار و تولید آثار مستهجن و سوء استفاده از آنها در صلاحیت دادگاه انقلاب می‌باشد.
با این حال این دادگاهها به امر رسیگی به برخی دعاوی همچون سرقت و جرائم جنسی که خارج از حیطه صلاحیت آنها بود، ادامه دادند. افزون بر این، مبهم و کلی بودن قوانین مربوط به امنیت داخلی، دست دادگاههای انقلاب را باز گذاشته بود تا هر‌گاه که صلاح می‌دیدند به جرائم سیاسی و رسانه‌ای نیز رسیدگی کنند.
قانون جدید، نهاد دادسرا را حذف کرد و وظایف دادستانی را به قضات دادگاههای انقلاب محول نمود. بدین ترتیب قضات، علاوه بر قضاوت، نقش مدعی العموم را نیز‌ایفا می‌کردند.
دادگاههای انقلاب اسلامی، ۱۳۸۱ تا امروز
قانون اصلاح قانون تشکیل دادگاههای عمومی و انقلاب مورخ ۱۳۸۱ ، نهاد دادسرا را مجدداً در دادگاههای عمومی و انقلاب احیا کرد. در دعاوی مربوط به جرائم سیاسی و رسانه‌ای، صلاحیت دادگاه انقلاب با صلاحیت دادگاه کیفری استان تداخل پیدا میکند.
با تصویب قانون جدید آیین دادرسی کیفری در سال ۱۳۹۲ صلاحیت دادگاههای انقلاب همچنان مانند سابق است اما تغییرات جزئی در نحوه رسیدگی در این دادگاهها صورت گرفت. به عنوان مثال در قانون جدید مقرر شده است که در جرایمی که مجازات آن مرگ یا حبس ابد یا قطع عضو و یا درجه سه و بالاتر است، دادگاه انقلاب با سه قاضی رسیدگی خواهد کرد. در حالی‌که تا قبل از تصویب این قانون رسیدگی به تمامی جرایم در صلاحیت دادگاه انقلاب با یک قاضی صورت می‌پذیرفت.
فرایند تجدید نظر (فرجام خواهی) در دادگاه های انقلاب، ۱۳۵۷ تا امروز
آراء دادگاههای انقلاب از بدو تاسیس تا سال ۱۳۷۳، قابل تجدید نظر نبود. در اوائل دهه ۱۳۶۰، دادگاهی تحت عنوان دادگاه عالی قم در شهر قم تاسیس شد که وظیفه تجدید نظر در موارد اعدام و مصادره اموال را به عهده داشت و بدین‌سان، مرجع اولیه تجدید نظر محسوب می‌شد. تاریخ دقیق تشکیل این دادگاه مشخص نیست اما بر اساس اطلاعات موجود، در سال‌های نخستینِ دهه ۱۳۶۰ شروع به کار کرده است، اگرچه تاریخ حکم رسمی آیت‌الله خمینی مبنی بر تاسیس آن، سال ۱۳۶۴ می‌باشد. آیین دادرسی این مرجع دقیق و یکدست نبود و با معیارهای بین‌المللیِ مراجع تجدید نظر مطابقت نمی‌کرد. هیچ نوع مدرک رسمی‌ای که حاکی از حیطه صلاحیت آن باشد نیز وجود نداشت. دادگاه عالی قم در سل ۱۳۶۸منحل گردید.
یکی از مطالب بسیار مهم و قابل تامل این است که جرائم مربوط به مواد مخدر از فرایند تجدید نظر مستثنا شدهاند. قانون مبارزه با مواد مخدر مصوب سال ۱۳۶۷ و قانون اصلاح قانون مبارزه با مواد مخدر و الحاق موادی به آن مصوب ۱۳۸۹، دادگاههای انقلاب را مرجع ذیصلاح برای رسیدگی به این جرائم مقرر نموده است و به موجب این قانون، آراء دادگاه انقلاب قطعی و غیر قابل تجدید نظر‌اند. پس از اعلام رای، احكام اعدام صادره به موجب اين قانون، به تایید دادستان كل كشور یا رئيس ديوان عالی كشور می‌رسد، که امری اداری و تشریفاتی بیش نیست.
اما با تصویب قانون جدید آیین دادرسی کیفری در سال ۱۳۹۲ و اجرایی شدن آن در سال ۱۳۹۴، جرایم مربوط به مواد مخدر نیز قابلیت تجدید نظر خواهی پیدا کرد.
دادگاههای عمومی، ۱۳۵۷ تا ۱۳۶۱
در مواردی‌که در حیطه صلاحیت دادگاههای انقلاب نبودند، نظام قضاییِ باقی مانده از رژیم شاهنشاهی به موازات نظم نوینی که به تدریج از طریق وضع قوانین جدید پا می‌گرفت، به عملکرد خود ادامه می‌داد. یکی از این قوانین، تحت عنوان لایحه قانونی تشکیل دادگاههای عمومی مصوب ۲۰ شهريور ۱۳۵۸، کل ساختار و دسته‌بندی محاکم را تغییر داد و دادگاهها را به سه دسته کیفری، مدنی، و صلح (که بیشتر حالت یک مرجع داوری برای رسیدگی به دعاوی مالی جزء و دیگر دعاوی جزئی را داشت) تقسیم بندی کرد. دادگاههای تخصصی همچون دادگاههای خانواده منحل شدند.
دادگاههای عمومی، ۱۳۶۱ تا ۱۳۷۳
قانون اصلاح آیین دادرسی کیفری مصوب ۱۳۶۱، نظام دادرسی نوینی متشکل از دادگاههای کیفری یک و دو تاسیس نمود. دادگاه کیفری یک که تنها در مراکز استان‌ها تشکیل می‌شد، صالح برای رسیدگی به جرائم جدی بود از جمله جرائمی که مجازات مرگ را به همراه داشت، و صلاحیت دادگاه کیفری یک به جرائم جزئی‌تر محدود می‌شد.
دادگاههای عمومی، ۱۳۷۳ تا ۱۳۸۱
قانون تشکیل دادگاههای عمومی و انقلاب مصوب ۱۵ تیر ۱۳۷۳، دادگاه‌هایی فراگیر تحت عنوان دادگاههای عمومی تاسیس نمود. به موجب این قانون، دادگاههای مدنی و کیفری موجود منحل گردید و دادگاههای عمومی جایگزین این محاکم شد. این قانون همچنین نهاد دادسرا را نیز منحل و وظایف دادستانی، بازپرسی و قضاوت را به یک فرد واحد محول نمود.
دادگاه های عمومی، ۱۳۸۱ تا ۱۳۹۲
در سال ۱۳۸۱ قانون تشکیل دادگاههای عمومی و انقلاب مصوب سال ۱۳۷۳ اصلاح شد و نهاد دادسرا در دادگاههای عمومی‌احیا گردید. دادسراها در یک روند تدریجی طی چند سال مجدداً برقرار شدند. این قانون، تشکیل دوباره شعب تخصصی در دادگاههای عمومی - که به طور جداگانه به دعاوی مدنی و کیفری می‌پردازند - را نیز مقرر نمود. افزون بر این، به موجب این قانون، صلاحیت بدویِ رسیدگی به برخی جرائم از جمله جرائم جدی و نیز جرائم سیاسی و رسانه‌ای، به تعدادی از شعب دادگاه تجدید نظر استان اختصاص یافت. در این گونه موارد، شعبِ دادگاه تجدید نظر استان، دادگاه کیفری استان نامیده می‌شوند.
دادگاههای عمومی، از ۱۳۹۲ تا امروز
با تصویب قانون جدید آیین دادرسی کیفری در سال ۱۳۹۲ و اجرایی شدن آن در سال ۱۳۹۴ دادگاههای عمومی نیز دستخوش تغییراتی شد. دادگاههای کیفری به دادگاههای کیفری یک، کیفری دو، نظامی، اطفال و نوجوانان و انقلاب تقسیم شدند. دادگاه کیفری یک به جرایم سنگین از جمله جرایم مستوجب اعدام، حبس ابد، قطع عضو، درجه سه و بالاتر و همچنین جرایم سیاسی و مطبوعاتی رسیدگی خواهد کرد. رسیدگی به دیگر جرایم نیز در صلاحیت دادگاه کیفری دو می‌باشد. از دیگر تغییرات ایجاد شده تشکیل دادگاههای اطفال و نوجوانان است که به جرایم افراد زیر ۱۸ سال رسیدگی میکند. با این وجود در مواردی که افراد زیر ۱۸ سال مرتکب جرایم سنگین همچون جرایم مستوجب مجازات مرگ شوند، رسیدگی به آن در صلاحیت دادگاه کیفریٍ یک با رعایت تشریفات رسیدگی به جرایم اطفال است.
فرایند تجدید نظر در دادگاههای عمومی، از ۱۳۵۷تا امروز
لايحه قانوني تشكيل دادگاههای عمومي مصوب ۲۰ شهريور ۱۳۵۸، تجدید نظر در آراء اکثر دادگاههای کیفری را نسخ کرد. قانون سال ۱۳۶۱ (قانون اصلاح آیین دادرسی کیفری مصوب ۱۳۶۱) فراتر رفته و امکان تجدید نظر را حتی از آن هم محدود تر کرد. به موجب تفسیری که مقامات جمهوری اسلامی از فقه اسلام به عمل می‌آوردند، رای یک فقیه یا حقوقدان قابل تجدید نظر نبود مگر در موارد استثنایی، به عنوان مثال، زمانی‌که قاضی اشتباه کرده و به اشتباه خود پی ببرد یا این که قاضی دیگری وی را از این امر آگاه سازد، و یا زمانی که قاضی پی ببرد صلاحیت رسیدگی به دعوا را نداشته است. اما حتی تحت چنین شرایطی نیز پرونده به دادگاه بالاتر ارجاع نشده و صرفاً توسط قاضی بدوی و یا قاضی هم عرض مورد تجدید نظر قرار می‌گرفت. قضات حتی ترغیب می‌شدند که آراء خود را "نظر [دادگاه]" بنامند که رای صادره شرعاً "حرام" نباشد.
در مهر ماه سال ۱۳۶۷، مجلس شورای اسلامی قانونی به منظور تجدید نظر در آراء محاکم به تصویب رساند. این قانون مقرر می‌نمود در صورتی که بنا به ادعای تجدید نظر خواه، رای محکومیت بر اساس شواهد و مدارک غیر معتبر و یا شهادت خلاف واقع صادر شده باشد، وی می‌تواند درخواست تجدید نظر بنماید. افزون بر این، وی می‌توانست بر اساس نقص قانونی و یا تخلف شکلی [در دادرسی اولیه] نیز درخواست تجدید نظر کند.
در اواخر دهه ۱۳۶۰ و در سال ۱۳۷۲، فرایند تجدید نظر گسترش پیدا کرد. قانون تشکیل دادگاههای کیفری یک و دو مصوب ۱۳۶۸ شعب دیوان عالی را تاسیس نمود. جرائم جزء که در دادگاه کیفری دو تحت رسیدگی قرار می‌گرفت مشمول تجدید نظر در دادگاه کیفری یک می‌شدند. این قانون همچنین برای جرائم بسیار جدی که در صلاحیت دادگاه کیفری یک بوده و مجازات مرگ برای آن مقرر گردیده بود، شعب دیوان عالی را به عنوان مرجع ذیصلاح تجدید نظر تعیین کرده بود. در برخی دعاوی که مبنای تجدید نظر، شهادت خلاف واقع و یا تخلفات و نقائص شکلی بود، مشتکي عنه می‌توانست طبق قانون نزد دیوان عالی کشور فرجام خواهی کند که در این صورت پرونده به یک دادگاه کیفری دیگر ارجاع یا به مرجع رسیدگی اولیه احاله می‌گردید.
و بالاخره قانون تشكيل دادگاههای عمومی و انقلاب مصوب ۱۳۷۳ اصلاحی ۱۳۸۱، یک دادگاه تجدید نظر در هر یک از مراکز استان‌ها تحت عنوان دادگاه تجدید نظر استان تاسیس نمود که متشکل است از سه قاضی که وظیفه تجدید نظر در آراء دادگاههای انقلاب و نیز دادگاههای عمومی را بر عهده دارند. دیوان عالی کشور به عنوان مرجع ذیصلاح تجدید نظر در برخی آراء مقرر گردید، از جمله دعاوی دربرگیرنده مجازات مرگ و نیز آراء صادره از سوی دادگاههای کیفری استان. دیوان عالی کشور همچنان مرجع رسیدگی به اعاده دادرسی که در موارد محدودی پیش‌بینی شده است می‌باشد.
قوانین جاری که آخرین بار در سال ۱۳۸۱اصلاح شدند، رویه‌ای که در قانون ۱۳۶۸ فوق الذکر در تجدید نظرخواهی در شعب دیوان عالی کشور اتخاذ شد را انعکاس داده و ادامه می‌دهند.
با تصویب قانون جدید آیین دادرسی کیفری رسیدگی تجدید نظر خواهی از احکام دادگاههای کیفری دو بر عهده دادگاههای تجدید نظر و رسیدگی به تجدید نظرخواهی از احکام دادگاههای کیفری یک بر عهده دیوان عالی است.
دادگاه ویژه روحانیت
دادگاه ویژه روحانیت در اساس بر [نامه و] حکم [خرداد ماه] ۱۳۵۸آیت‌الله خمینی مبتنی است. به موجب این دستور، جهت پاکسازی روحانیت از عناصر ضد انقلاب، هیات‌هایی متشکل از علما و معتمدین در شهرستان‌های مختلف کشور تشکیل گردید که [احکام و مجازاتهای صادره از این هیات‌ها] تحت نظر دادگاههای انقلاب به مرحله اجرا گذاشته می‌شد. از اوسط سال ۱۳۶۰ تا سال ۱۳۶۳، دادگاه ویژه‌ای در قم وظیفه محاکمه معممین را بر عهده داشت، هر چند به طور دائم، منظم و انحصاری تشکیل نمی‌شد. در تاریخ ۷ مرداد ۱۳۶۶ آیت‌الله خمینی رسماً دو تن از روحانیون را به عنوان قاضی و دادستان دادگاه ویژه روحانیت منصوب کرد. در تاریخ ۱۵ مرداد ۱۳۶۹ آئين نامه دادسراها و دادگاههای ويژه روحانيت تصویب گردید. حیطه صلاحیت این دادگاه به اندازه‌ای مبهم است که اساساً کلیه دعاوی‌ای که در آن "یک طرف اختلاف، روحانی" است و نیز "كليه اموری كه از سوی مقام معظم رهبری برای رسيدگی ماموریت داده می‌شود" را در بر می‌گیرد. دادگاه موظف است به کلیه جرائم "روحانی نمایان و منتسبین به روحانیت، اعم از جرائم عمومی و ضدانقلابی، و تخلفات مربوط به شئون روحانیت" و در مواردی که مجرم اصلی روحانی است، به جرائم "شرکا ومعاونین غیرروحانی" رسیدگی نماید.
این دادگاهها معمولاً [علنی نبوده و] به روی عموم باز نیستند و می‌توانند برای ارتکاب هر فعل يا ترك فعلی كه مطابق قوانين موضوعه ایران یا احكام شرعيه قابل مجازات‌اند و نیز اعمالي كه موجب هتك حيثيت روحانيت وانقلاب اسلامی محسوب می‌شوند، مجازات تعیین کنند. افزون بر این، در برخی موارد استثنائی – این موارد، تعریف و مشخص نشد‌ه‌اند – و در مواردی كه در شرع و قوانین کیفری، مجازات مشخصی تعيين نگرديده، دادگاه [یا به عبارتی دیگر حاكم شرع] مي تواند "براساس نظر خود اقدام به صدور حكم نمايد." قابل ذکر است این دادگاه در قانون اساسی ایران جایگاهی نداشته.
فرایند تجدید نظر در دادگاه ویژه روحانیت، ۱۳۵۸ تا امروز
اطلاع دقیقی در خصوص فرایند تجدید نظر در احکام دادگاه ویژه روحانیت، تا قبل از‌‌آیین نامه سال ۱۳۶۹ [فوق الذکر] در دست نیست. ماده ۴۹ این آیین نامه، اما، یک مرجع تجدید نظر تحت عنوان دادگاه تجدید نظر ویژه روحانیت تعیین نمود که رئیس آن منصوب رهبر انقلاب است و اعتراضات به احکام دادگاه بدوی در آن قابل فرجام خواهی است.
دادگاههای نظامی
دادگاههای نظامی که در رژیم شاهنشاهی مستقل عمل می‌کرد، پس از انقلاب و در تاریخ دهم آبان ۱۳۶۰ بخشی از قوه قضائیه شد. سازمان قضایی نیروهای مسلح در سال ۱۳۶۴ و از طریق ادغام دادگاههای نظامی‌موجود یعنی سازمان قضایی ارتش (از بقایای رژیم سابق) دادگاه انقلابی ارتش (تاسیس ۱۷ آذر ۱۳۵۸) و دادگاه انقلاب اسلامی و عمومی پاسداران (تاسیس ۲۴ تیر ۱۳۵۸) تشکیل گردید، و جایگزین این مراجع شد. سازمان قضایی نیروهای مسلح دارای قانون مجازات کیفری خاص خود است اما از‌‌آیین دادرسی کیفری جاری در دادگاههای عمومی پیروی میکند.
به موجب قانون دادرسی نیروهای مسلح مصوب ۲۵ اردیبهشت ۱۳۶۴، دادگاههای نظامی یک و دو تشکیل گردید. رسیدگی به جرائمی که مجازات آنها طبق قانون ده سال حبس یا بیشتر و یا اعدام است، در صلاحیت دادگاه نظامی و رسیدگی به جرایمی که مجازات آنها کمتر از ده سال است، در صلاحیت دادگاه نظامی دو است.
فرایند تجدید نظر در دادگاههای نظامی، ۱۳۵۸ تا امروز
در قانون تاسیس دادگاه انقلابی ارتش مصوب ۱۷ آذر ۱۳۵۸ تجدید نظر خواهی مقرر نشده بود. اما قانون ۲۵ اردیبهشت ۱۳۶۴ از طریق ایجاد دادگاهها [و دادرسی] دو مرحله‌ای، فرایندی به وجود آورد که به موجب آن، آراء دادگاه نظامی دو را قابل تجدید نظر در دادگاه نظامی یک نمود. این قانون همچنین شعب دیوان عالی کشور را به عنوان مراجع ذیصلاح برای تجدید نظر در آراء دادگاه نظامی یک، تعیین کرد.
قضات
قضات، ۱۳۵۷ تا ۱۳۷۶
قضات دادگاه و دادسرا [اعم از دادستان، دادیارو بازپرس] لزوماً فارغ‌التحصیل رشته حقوق و حقوقدان نیستند. مدت کوتاهی پس از انقلاب اسلامی، به موجب لایحه قانونی اصلاح سازمان دادگستری و قانون استخدام قضات مصوب ۱۷ اسفند ماه ۱۳۵۷، هیاتی پنج نفره به منظور پاکسازی دستگاه دادگستری از عناصر نامطلوب تشکیل یافت. این هیات که دارای اختیارات تام و تصمیمات آن قطعی بود، تصفیه‌ای گسترده و بنیادین در دستگاه قضایی به عمل آورد.
قانون شرایط انتخاب قضات دادگستری مصوب ۱۴ اردیبهشت۱۳۶۱ ، شرایط لازم برای احراز پست‌های قضایی را تعیین کرد. قضات از میان مردان واجد شرایطی از جمله طهارت مولد و نیز تعهد عملی نسبت به موازین اسلامی و وفاداری به نظام جمهوری اسلامی، انتخاب می‌شدند. این قانون که منجر به استخدام روحانیون و مجتهدین گردید، عملاً استخدام هر فردی را که می‌توانست "اجازه قضا از جانب شورای عالی قضایی" کسب کند، مجاز می‌نمود. افزون بر این، تبصره ۲ قانون الحاق دو تبصره به قانون شرایط انتخاب قضات دادگستری مصوب ۱۲ مهر ۱۳۶۱، استخدام گسترده طلاب حوزه‌های علمیه "كه معلومات عمومی در حدود دیپلم دارند" را به عنوان قضات دادسراهای عمومی و انقلاب، مقرر نمود.
تا سال ۱۳۶۸قوه قضاییه حدوداً ۲۰۰۰ قاضی جدید که در حوزه‌های علمیه تعلیم دیده و یا به خاطر برخی ملاحظات سیاسی منصوب شده بودند را به کار گرفت که بسیاری از آنها جایگزین قضات تحصیل کرده رشته حقوق شده بودند.
قضات،۱۳۷۶ تا امروز
قانون شرایط انتخاب قضات و الحاقیه‌های آن مصوب ۱۲ مهر ۱۳۶۱، ۱۸بهمن ۱۳۶۳ و ۱۹ اردیبهشت ۱۳۶۷، لازم الاجرا و مبنای استخدام قضات است. آئين نامه اجرائی قانون استخدام قضات و شرايط كارآموزی مصوب اول دی ماه ۱۳۷۶، استخدام قضات را منوط به گذراندن آزمون ورودی و تکمیل دوره کارآموزی به مدت یک تا دو سال نموده است. این‌‌آیین نامه، استخدام را محدود به مردان نکرده اما مشخص نیست زنان در چه پست‌هایی به غیر از مشاور می‌توانند فعالیت کنند.
هم اکنون نحوه گزینش قضات بر اساس آیین نامه نحوه جذب، گزینش و کارآموزی داوطلبان تصدی امر قضا و استخدام قضات مصوب ۱۳۹۲ صورت می‌گیرد.
[انفصال و] اخراج قضات
از سال ۱۳۵۷ تا سال ۱۳۶۸، دستگاه قضایی توسط شورای عالی قضایی اداره می‌شد و متشکل بود از رییس دیوان عالی کشور، دادستان کل (که هر دو از سوی رهبر انقلاب منصوب می‌شدند) و سه تن از قضات دادگستری که توسط دیگر قضات کشور انتخاب می‌گردیدند. این شورا اختیار استخدام و انفصال قضات را به موجب قانون در دست داشت. بازبینی قانون اساسی در سال ۱۳۶۸یک فرد واحد یعنی رییس قوه قضاییه را جایگزین شورای عالی قضایی نمود. رهبر انقلاب که اختیاراتش منوط به رای ملت نیست، رییس قوه قضاییه را برای مدت ۵ سال به این پست منصوب میکند. رییس قوه قضاییه دارای اختیارات وسیع و قابل توجهی در امر اخراج قضات است. پرونده‌های انفصال از خدمت به سه نوع دادگاه انتظامی ارجاع می‌شوند که هر یک به ریاست سه قاضیِ منصوبِ رییس قوه قضاییه تشکیل می‌گردند. رییس قوه دارای حق وتوی تصمیمات این محاکم است. از این میان، دو دادگاه که در سال‌های ۱۳۷۰ و ۱۳۹۰ تاسیس شدهاند، به جنبه‌های دینی و عقیدتیِ عملکرد قضات رسیدگی میکنند. این فرایند لزوماً خوانده (قاضی) را وارد پروسه دادرسی نمی‌کند. رای قطعی به عهده رییس قوه قضاییه است و قابل فرجام خواهی نیست.
