اطلاعات در خصوص ناپدید و کشته شدن آقای احمد آقایی از طریق مصاحبه با یک فرد آشنا (۳، ۹ و ۱۴ اسفند ۱۴۰۰) به دست آمده است. اطلاعات تکمیلی در مورد این پرونده از طریق وبسایت رادیو فرهنگ (۱۲ بهمن ۱۴۰۰) و وبسایت مرکز پژوهش‌های مجلس (۱۶ شهریور ۱۳۷۶) به دست آمده است. 

آقای احمد آقایی احتمالا از هواداران سازمان مجاهدین خلق بود. (مصاحبه‌ی بنیاد برومند، ۹ اسفند ۱۴۰۰) 

سازمان مجاهدین خلق ایران 

سازمان مجاهدین خلق ایران در سال ۱۳۴۴ پایه گذاری شد که از نظر اید‌ئولوژی، تشکیلاتی مذهبی و معتقد به اصول و مبانی اسلام بود. این سازمان، با تفسیری انقلابی از اسلام به مبارزه مسلحانه علیه رژیم محمد رضا شاه پهلوی (١٢٩٨- ۱۳۵۹) اعتقاد داشت و مارکسیسم را به عنوان روشی علمی برای تحلیل اقتصادی و اجتماعی از جامعۀ ایران می‌پذیرفت و در عین حال، اسلام را سرچشمه الهام فرهنگ و اید‌ئولوژی خود می‌دانست. در دهه ۵۰، زندانی شدن و اعدام بسیاری از کادرها باعث تضعیف سازمان مجاهدین شد. در سال ۱۳۵۴ این سازمان با یک بحران ایدئولوژیک عمیق مواجه شد که در طی آن تعداد زیادی از کادرهای سازمان به نقد و نفی اسلام پرداختند و، پس از حذف فیزیکی چند تن از کادرها و تصفیه اعضای مسلمان، مارکسیسم را به عنوان ایدئولوژی خود برگزیدند. این اقدام در سال ۱۳۵۶ منجر به انشعاب و ایجاد  بخش مارکسیست لنینیست سازمان مجاهدین خلق شد.  در بهمن ماه سال ١٣٥٧، رهبران زندانی سازمان مجاهدین که هنوز معتقد به اید‌ئولوژی اسلامی بودند، همراه با دیگر زندانیان سیاسی، آزاد شدند و به بازسازی سازمان و عضوگیری پرداختند. پس از استقرار جمهوری اسلامی، مجاهدین که رهبری آیت الله خمینی را پذیرفته، و به دفاع از انقلاب اسلامی  برخاسته بودند، حضور در ارگانهای حکومتی و شرکت فعال در حیات سیاسی جامعه را در دستور کار خود قرار دادند. در دو سال اول انقلاب، آن‌ها هواداران بسیاری، به ویژه در مدارس و دانشگاه‌ها، یافتند ولی تلاششان برای کسب قدرت سیاسی، چه از طریق انتصاب  توسط مقامات و چه از طریق انتخاب توسط مردم با مخالفت شدید رهبران جمهوری اسلامی روبه رو شد.(۱) 

ناپدیدشدن و مرگ  آقای احمد آقایی

آقای احمد آقایی روز ۲۱ یا ۲۲ دی ۱۳۷۵ احتمالا بعد از مراجعه به ستادخبری اطلاعات اصفهان، مفقود شد. از آن‌جا که تا حدود ۳ ماه ماموران اداره‌ی اطلاعات اصفهان به خانواده‌ی آقای آقایی، خبر آزادی او از این اداره را می‌دادند، آن‌ها معتقدند آقای آقایی آخرین بار در ستاد خبری اداره اطلاعات اصفهان واقع در خیابان کمال اسماعیل، در نزدیکی میدان انقلاب، بوده است. (مصاحبه‌ی بنیاد برومند، ۳ و ۹ اسفند ۱۴۰۰) همزمان با آقای آقایی تعدادی دیگر نیز در همان روز و در محل ستاد خبری اداره اطلاعات اصفهان مفقود شدند، از جمله خانم‌ محبوبه بهادری، خانم زهره مظاهری، خانم افسانه (پروین) طهماسبی، آقای محمد آقا‌آقایی و آقای فرج فرزادنیا. (مصاحبه‌ی بنیاد برومند، ۹ و ۱۳ اسفند ۱۴۰۰)

بنا بر شواهد موجود آقای آقایی یکی از هواداران سازمان مجاهدین خلق بود که در راستای پروژه‌«الغدیر» وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی که برای ربودن و قتل اعضا و هواداران سازمان مجاهدین طراحی شده بود، ناپدید شده است. از او و تعداد دیگری از همشهریان‌اش که همزمان با او مفقود شده‌اند، هیچ اطلاعی در دست نیست. مدتی قبل از ربوده شدن آقای آقایی هزاران زندانی از جمله اعضای سازمان مجاهدین که «سر موضع» محسوب می‌شدند، در جریان کشتار دسته جمعی در تابستان ۱۳۶۷ (۲) اعدام شده بودند. بنا بر این اطلاعات و اظهارات مقامات مسئول، احتمال می‌رود که آقای آقایی و سایر مفقودشده‌ها نیز با همان منطق کشته شده باشند. (تحقیقات بنیاد برومند) 

همزمان با آقای آقایی تعدادی دیگر نیز در همان روز و در محل ستاد خبری اداره اطلاعات اصفهان مفقود شدند، از جمله خانم محبوبه بهادری، خانم افسانه (پروین) طهماسبی، خانم زهره مظاهری، آقای محمد آقا‌آقایی، و آقای فرج فرزادنیا.

پیشینه اعدام‌های فراقضایی توسط جمهوری اسلامی ایران

جمهوری اسلامی ایران ید طولایی در اعمال خشونت با انگیزه‌های سیاسی در ایران و اقصی نقاط جهان دارد. از انقلاب ۱۳۵۷ به بعد، عوامل جمهوری اسلامی در داخل و خارج از کشور دست به ربودن، ناپدید کردن و قتل تعداد زیادی از افرادی که فعالیتشان برایشان نامطلوب بوده زده‌اند. تعداد قربانیان اعدام‌های فراقضایی در داخل کشور روشن نیست، اما این قتل‌ها از بهمن ۱۳۵۷، با قتل پرویز سیاح سینا، کشیش مسیحی، آغاز شده و در طول عمر جمهوری اسلامی در داخل و خارج از ایران تداوم داشته است. بنیاد عبدالرحمن برومند تاکنون بیش از ۵۴۰ قتل فراقضایی را که به جمهوری اسلامی ایران نسبت داده می‌شود، در خارج از ایران شناسایی کرده است. (۳)  

قتل شهریار شفیق، افسر نیروی دریایی شاهنشاهی در آذر ۱۳۵۸ در پاریس یکی از اولین ترورها توسط عوامل جمهوری اسلامی در خارج از ایران است. ترور مخالفان حکومت ایران به روش‌های مختلف توسط مامورین جمهوری اسلامی در کشورهایی چون فیلیپین، اندونزی، ژاپن، هند و پاکستان در آسیا، دوبی، عراق، و ترکیه در خاورمیانه، قبرس، فرانسه، ایتالیا، اتریش، سوئیس، آلمان، نروژ، سوئد و انگلستان در اروپا، و ایالات متحده آمریکا در آنسوی اقیانوس آتلانتیک، ادامه پیدا کرده است.  در پرونده‌های زیادی دولت‌ها از تامین حق خانواده قربانیان بر دانستن حقیقت، اجرای عدالت و جبران خسارت وارد شده به آنان ناتوان بوده‌اند؛ دولت‌ها اطلاعات بسیار اندکی  در مورد این قتلها منتشر کرده‌اند و مقامات محلی حکم بازداشتی صادر نکرده‌اند. اما در مواردی که دستگیری و اجرای روند قضایی اتفاق افتاده است، اطلاعات موجود از جنایت دولتی برای از بین بردن دشمنانش را نشان می‌دهد. 

در برخی موارد، این تحقیقات منجر به اخراج (هلند ۲۰۱۸) یا بازداشت (بروکسل ۲۰۲۰، ترکیه ۲۰۲۱) دیپلمات‌های ایران شده است. در موارد محدودی در خارج از ایران، عاملان این قتل‌ها بازداشت و محاکمه شده‌اند (پاریس ۱۹۸۰ و ۱۹۹۱، بروکسل ۲۰۲۰) و شواهد و مدارک ارائه شده، ارتباط متهمان با نهادهای حکومتی ایران از جمله وزارت اطلاعات و سپاه قدس را آشکار کرده‌ است. در سال ۱۹۹۷ و در جریان دادگاه میکونوس در آلمان، حکم بازداشت  برای وزیر اطلاعات وقت ایران صادر شد. در فرانسه معاون وزیر ارتباطات و فن‌آوری اطلاعات (در آن زمان: وزیر پست، تلگراف و تلفن) به خاطر قتل شاپور بختیار، نخست وزیر سابق ایران و معاونش، سروش کتیبه، به صورت غیابی به حبس ابد محکوم شد.   

نوع تشکیلات و اجرای این قتل‌ها در داخل و خارج از ایران هم دال بر وجود الگوی واحدی است که بنا به گفته دادستان سوئیسی، رولان شاتلن، دارای پارامترهای مشترک و یک برنامه ریزی دقیق هستند. از تشابهات بین این قتل‌ها در کشورهای مختلف چنین استنباط می‌شود که دولت ایران آمر اصلی این جنایات است. (۴) در سال ۱۹۹۷ دادگاه کیفری برلین، در جریان رسیدگی به پرونده ترور مخالفان کرد جمهوری اسلامی در رستورانی در برلین به صورت رسمی اعلام کرد که مقامات ارشد ایران دستور اجرای قتل‌ها را صادر کرده‌اند. بر اساس کیفرخواست خوانده شده در این دادگاه، دستور قتل‌ها در کمیته‌ای به نام «کمیته امور ویژه» صادر شده است. کمیته‌ای که متشکل است از رییس جمهور، وزیر اطلاعات، وزیر امور خارجه، نماینده سایر نهادهای امنیتی و حکومتی و نهایتا، رهبر انقلاب. 

مقامات ایران مسئولیت این قتل‌ها را رسما نپذیرفته‌اند و حتی این جنایات را به درگیری داخلی اعضای گروه‌های اپوزیسیون نسبت داده‌اند. معهذا این جنایات از نظر آرمانی و حقوقی از بدو تشکیل نظام توسط مقاماتش توجیه شده است. در بهار سال ۱۳۵۸، صادق خلخالی، اولین قاضی شرع دادگاه‌های انقلاب اسلامی تصمیم نظام را مبنی بر اجرای اعدام های فراقضایی رسما اعلام نمود و این تصمیم را چنین توجیه کرد: «...این‌ها محکوم به اعدام شدند، در نظر ملت ایران اگر کسی بخواهد در خارج، در هر کشوری، آن ها را ترور کند، هیچ دولتی حق ندارد او را به عنوان تروریست محاکمه کند؛ زیرا او عامل اجرای حکم دادگاه انقلابی اسلامی است. لذا آن ها مهدور الدم هستند و در هر جا باشند حکم درباره آن‌ها همین است.» بیش از ده سال پس از این اظهارات، علی فلاحیان، وزیر اطلاعات و امنیت نظام در حالیکه در مورد موفقیت نیروهای امنیتی سخن می‌راند، در مورد حذف مخالفین چنین گفت: «... ما موفق شدیم به بسیاری از این گروهک‌ها در خارج از کشور و در سر مرز ضرباتی وارد کنیم.» (سخنرانی پخش شده از صدا و سیما در ۹ شهریور ۱۳۷۱ ‌به نقل از عصر ایران، ۲۶ مرداد ۱۳۸۵ و صفحه فیسبوک علی عربشاهی، ۲۷ خرداد ۱۳۹۲)

 در ایران اعدام‌های فراقضایی به ندرت از طریق قضایی پیگیری شده است، در چند قتلی که در سال ۱۳۷۷ پیگیری و به «قتل‌های زنجیره‌ای» (۵) معروف شد نیز مسئولیت مقامات اطلاعاتی کشور آشکار شده است. چند مامور وزارت اطلاعات که از متهمان این پرونده بودند وجود یک سیاست دولتی درازمدت در زمینه اعدام فراقضایی را تایید کردند و تاکید کردند که هر سال برای این  قتل‌ها، که برای اجرایشان، فتوای مذهبی صادر شده بود، برنامه‌ریزی می‌شده، بودجه و هدف تعیین می‌شده و کسانی که در این قتل‌ها مشارکت داشتند، تشویق می‌شدند. سعید امامی، معاون امنیتی وزارت اطلاعات و از متهمان اصلی قتل‌های زنجیره‌ای که به گفته مقامات ایران در دوران بازداشت خودکشی کرده، در یک سخنرانی در دانشگاه بوعلی همدان در سال ۱۳۷۵ تاکید کرده بود که عملیات نیروی‌های امنیتی ایران محدود به مرزهای ایران نیست: «… محدوده امنیتی را آمدیم دور مرزهایمان معلوم کردیم. {اما} وقتی که تهدید از خارج به داخل ببینیم، محدوده را بزرگ‌تر می‌کنیم.» او همچنین تاکید کرده بود که به رییس یکی از سرویس‌های اطلاعاتی کشور دیگری درباره قتل  مخالفان توسط نیروهای وابسته به جمهوری اسلامی گفته است: «معلومه که کشتیم. نه تنها منافقین (مجاهدین) که از گروه‌های دیگر هم کشتیم.» (بلاگرنیوز،‌ ۱۳۸۷) هر چند او در این گفتگو گفته است که این قتل‌ها به مسلح بودن افراد مقتول مربوط است، اما قتل مخالفان تنها شامل افراد وابسته به گروه‌های مسلح نبوده است و طیف وسیعی از مخالفان و دگراندیشان و حتی افراد غیر سیاسی را در بر می‌گیرد.

طرح الغدیر - ربودن و قتل مجاهدین توسط وزارت اطلاعات 

نیروها و نهادهای انقلابی قتل مخالفان، مبارزان سیاسی و اقلیت‌ها را از اولین ماه‌های استقرار حکومت جمهوری اسلامی ایران آغاز کردند. اعضا و هواداران سازمان مجاهدین خلق ایران در داخل و خارج از ایران نیز هدف آنها  قرار گرفتند و دهها نفر از آنها پیش از اعلام مبارزه مسلحانه در ۳۰ خرداد ۱۳۶۰ کشته شدند. (تحقیقات بنیاد برومند) 

اغلب متهمان پرونده قتل‌های زنجیره‌ای در اعترافات خود در جریان بازجویی‌هایشان به طرح «ربایش» و «حذف» اعضا یا هواداران سازمان مجاهدین با نام «الغدیر» که مسئولیت اصلی آن به عهده «اداره کل التقاط» بود، اشاره کرده‌اند. (حزب مرز پرگهر، نقل شده در سایت پژواک ایران، ۱۲ مرداد ۱۴۰۰) این اداره که پیش از اعلام مبارزه مسلحانه سازمان مجاهدین در سپاه تاسیس شده و به وزارت اطلاعات منتقل شده بود، یکی از بخش‌های سه گانه بررسی، تعقیب و برخورد با گروه‌های مخالف جمهوری اسلامی بود که مسئولیت برخورد با گروه‌های مسلمان همچون سازمان مجاهدین خلق، فرقان(۶) و آرمان مستضعفین(۷) را عهده‌دار بوده است. (خبرگزاری تسنیم، ۳ تیر ۱۳۹۸) بنا به گفته یک مقام امنیتی که با نام مستعار مصاحبه کرده است، واحد التقاط زیر نظر معاونت امنیت وزارت اطلاعات فعالیت می‌کرد. « بیشترین نیروی انسانی را هم به خود اختصاص داده بود. کارمندان بخش التقاط وزارت بین ۱۵۰ تا ۲۰۰ نفر بودند.» (خبرگزاری تسنیم، ۳ تیر ۱۳۹۸) علی احمدی (ناظری) که به گفته مهرداد عالیخانی، رئیس اداره چپ نو در وزارت اطلاعات و از متهمان اصلی قتل‌های زنجیره‌ای، یکی از «دست‌اندرکاران طرح الغدیر» بود، در اعترافات خود تایید کرده است که: «سال‌ها اینگونه اقدامات {قتل مخالفان} انجام شده و سیستم‌های امنیتی و اطلاعاتی اینگونه شگردها را دارند … این گونه اقدامات در وزارت اطلاعات عرف بوده و هیچ مانعی در عمل ایجاد نمی‌کرده.»‌ (حزب مرز پرگهر، نقل شده در سایت پژواک ایران، ۱۲ مرداد ۱۴۰۰) 

بنا به گفته ناصر زرافشان، وکیل تعدادی از خانواده قربانیان قتل‌های زنجیره‌ای، در این قتل‌ها حداقل ۲ معاونت و ۳ اداره کل وزارت اطلاعات دخالت داشتند. (یوتیوب صدای آمریکا، ۶ آذر ۱۳۹۴) بر اساس اعترافات موجود از مقامات وزارت اطلاعات، احتمالا مهمترین بخش‌هایی که در قتل اعضا و هواداران سازمان مجاهدین مشارکت داشتند، معاونت امنیت و زیر مجموعه‌های آن، ادارات کل التقاط و عملیات بود‌ه‌اند.(۸)

بنا به گفته یک مقام امنیتی که با نام مستعار مصاحبه کرده است، سازمان مجاهدین خلق حدودا از بهار ۱۳۶۱ برای خروج نیروهایش از ایران اقدام کرد: «بعد از اینکه متوجه شدیم، در خروجی‌های کشور در غرب ... تور گذاشتیم.» (خبرگزاری تسنیم، ۳ تیر ۱۳۹۸) به گفته یک مقام امنیتی دیگر، ماموران امنیتی جمهوری اسلامی حداقل از سال ۱۳۶۰ به بعد در سازمان مجاهدین نفوذی داشتند: «نفوذی‌ها هم رخنه‌‌ای و هم جذبی بودند.» (خبرگزاری تسنیم، ۳ تیر ۱۳۹۸) علی فلاحیان، وزیر اطلاعات دولت هاشمی رفسنجانی درباره نفوذ نیروهای اطلاعاتی به گروه‌های مخالف در مصاحبه‌ای گفته است: «... برای ما ملک و جن که خبر نمی‌آورند. … برای مقابله با باندهای قاچاق کالا، مواد منفجره و فیلم‌ها، عکس‌ها و بروشورهای مستهجن و یا برخورد با ضد انقلاب و منافقین، ما چاره‌ای نداریم جز این که در آن‌ها نفوذ کنیم...» (کیهان، ۵ خرداد ۱۳۸۰) هر چند ساز و کار ربودن و به قتل رساندن اعضا و هواداران سازمان مجاهدین در طرح الغدیر روشن نیست، اما به نظر می‌رسد یکی از مهم‌ترین اهداف آن پیشگیری و جلوگیری از پیوستن آن‌ها به سازمان مجاهدین در کمپ اشرف در عراق بوده است. 

شواهد موجود همچنین از تلاش برخی از هواداران و اعضای سازمان مجاهدین برای خروج از طریق مرز سیستان و بلوچستان خبر می‌دهد. بهرام نوروزی، از فرماندهان نیروی انتظامی، در گفت‌وگو با پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی با توضیح این که تا حدود سال ۱۳۶۲ در جنوب کشور بوده است، درباره خط خروج مجاهدین از مرز شرقی ایران گفته است: «یک وقت دیدیم حکمی به ما دادند که خط خروج از زاهدان شروع شده است. علاوه بر این مسئله مبارزه با مواد مخدر هم بود. حکم ماموریت دو ماهه برای سیستان و بلوچستان برای ما زدند. این دو ماه، شش سال طول کشید.» (پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی، ۲۴ تیر ۱۳۹۹)

گرچه این مقام انتظامی سابق از دستگیری اعضای مجاهدینی که قصد خروج از کشور داشتند صحبت کرده (پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی، ۲۴ تیر ۱۳۹۹) و برخی شاهدان نیز از زندانی شدن این افراد گفته یا نوشته‌اند(کتاب نه زیستن، نه مرگ)، تحقیقات بنیاد عبدالرحمن برومند تعدادی از کسانی را شناسایی کرده است که در همین دوره زمانی و در تلاش برای خروج از کشور توسط ماموران وزارت اطلاعات ربوده شده و به قتل رسیده‌اند. (تحقیقات بنیاد برومند) 

بنا به اعترافات مهرداد عالیخانی، وزارت اطلاعات ساختمانی را در نزدیکی بهشت‌زهرا در اختیار داشته است که از اتاق‌ها و فضای باز آن برای به قتل رساندن قربانیان استفاده می‌شده است. او در روایت خود شرح داده است که چطور عوامل وزارت اطلاعات یکی از قربانیان را در این ساختمان «بسیار حرفه‌ای و مسلط» به قتل رساندند، بدون این که آثاری از خود به جا بگذارند. (حزب مرز پرگهر، نقل شده در وبسایت پژواک ایران، ۱۲ مرداد ۱۴۰۰) تحقیقات بنیاد عبدالرحمن برومند نشان می‌دهد که تعدادی از اعضا و هواداران سازمان مجاهدین و خانواده‌های اعدام‌شدگان این سازمان در بهشت زهرا یکدیگر را پیدا می‌کرده‌اند. احتمالا ماموران وزارت اطلاعات از طریق این ساختمان در فضای بهشت‌زهرا حضور مستمر داشتند و از آن برای جمع‌آوری اطلاعات و در صورت لزوم قتل یا دفن مخفیانه اعضا و هواداران سازمان مجاهدین استفاده می‌کردند. (تحقیقات بنیاد برومند) 

پیوستگی قتل‌ها در جریان قتل‌های موسوم به زنجیره‌ای در پاییز سال ۱۳۷۷ و کشتن افرادی که مرگشان حساسیت عمومی برانگیخت، موضوع قتل‌های فراقضایی را به سطح جامعه کشاند. در حالی که این قتل‌ها از مدت‌ها پیش به عنوان بخشی از برنامه سالانه وزارت اطلاعات در جریان بود. قتل هواداران و اعضای سازمان مجاهدین هم یکی از این پروژه‌ها بود. مشخص نیست چند نفر از طریق طرح الغدیر و پروژه «حذف» اعضا و هواداران سازمان مجاهدین خلق به قتل رسیدند. بنیاد عبدالرحمن برومند اسامی بیش از ۳۰ نفر را در اختیار دارد که گمان می‌رود در جریان این طرح ربوده و کشته شده‌اند. (پژواک، ۱۲ مرداد ۱۴۰۰؛ کتاب نه زندگی، نه مرگ؛ تحقیقات بنیاد برومند) 

واکنش مسئولان

 ماموران ستادخبری اداره اطلاعات اصفهان در روزها و هفته‌های اول مراجعه خانواده‌ی آقای آقایی و تعداد دیگری از همشهریان‌اش، به آن‌ها می‌گفتند: «فعلا در حال بازجویی هستیم. طی روزهای آینده آزاد می‌شوند.» حدود سه ماه بعد از مفقود شدن آقای آقایی در فروردین ۱۳۷۶، ماموران اداره اطلاعات از حضور او و دیگر افراد مفقود شده در آن اداره اظهار بی‌اطلاعی کردند و گفتند: «بروید از همان کسی که به شما گفته آن‌ها اینجا هستند، سراغشان را بگیرید.» (مصاحبه‌ی بنیاد برومند، ۹ اسفند ۱۴۰۰) بعد از پافشاری خانواده‌ی افراد مفقود شده، ماموران اداره‌ی اطلاعات اصفهان حداقل یکی از آن‌ها را به داخل ساختمان ستاد خبری بردند و ضمن بازخواست به خاطر پیگیری سرنوشت افراد مفقود شده، به او گفتند: «اگر پیش ما بودند، مگر می‌ترسیدیم؟ محاکمه‌‌شان می‌کردیم و اگر جرمی مرتکب شده بودند، اگر لازم بود اعدام‌شان ‌می‌کردیم.» (مصاحبه‌ی بنیاد برومند، ۱۴ اسفند ۱۴۰۰) 

مقامات استانی و محلی از جمله مسئولان استانداری و معاونت سیاسی، امنیتی و اجتماعی استانداری به خانواده‌ی آقای آقایی گفتند: «وزارت اطلاعات همچین کاری نمی‌کند، [که فردی را برباید.]» به گفته‌ی فرد آشنا با یکی از مفقود‌شده‌های اصفهان، مسئولان قضایی و انتظامی هیچ‌گاه پرونده مفقود شدن آقای آقا‌آقایی را پیگیری نکردند. (مصاحبه‌ی بنیاد برومند، ۹ اسفند ۱۴۰۰) 

از طرف دیگر مقامات جمهوری اسلامی بارها بر برخورد خشن و حذف فیزیکی اعضا و هواداران سازمان مجاهدین تاکید کرده‌اند. اکبر هاشمی رفسنجانی، زمانی که رییس مجلس شورای اسلامی بود در مصاحبه‌ای سازمان مجاهدین خلق را «تشکیلات باطل» دانست و گفت: «تشکیلات سیاسی باطل که اصلا بهتر است در خطر باشد و از بین برود، ولی تشکیلات سیاسی حق (آنچه ما خیال می‌کنیم)، تشکیلاتی است که بر اساس فقه و تفقه اسلامی باشد، چنانچه متن انقلاب اسلامی هم همین است.» (روزنامه جمهوری اسلامی، ۴ اردیبهشت ۱۳۶۰) علی مشکینی هم در سخنرانی خود در نماز جمعه تبریز در مهر ۱۳۶۰ گفت: «… این‌ها {مجاهدین} در هر کجا در کوچه و خیابان شروع به قیام علیه حکومت اسلامی کردند، در همانجا باید حد شرعی که اعدام است در مورد آن‌ها اجرا شود. ...» (روزنامه جمهوری اسلامی، ۵ مهر ۱۳۶۰) 

همچنین بنا به شواهد موجود در جریان رسیدگی به اتهامات متهمان قتل‌های زنجیره‌ای هیچگاه به پرونده دست اندرکاران و آمران طرح الغدیر رسیدگی نشد. اما ناصر زرافشان که علاوه بر وکالت خانواده تعدادی از قربانیان مشخص شده در پرونده قتل‌های زنجیره‌ای، پرونده تعدادی دیگر از افرادی را که حدس زده می‌شد همچنان به این قتل ها مربوط باشند نیز به عهده داشت، تحت تعقیب قضایی قرار گرفت و در سال ۱۳۸۱ در خیابان دستگیر و برای اجرای ۵ سال حکم به اتهام افشای اسرار دولتی به زندان منتقل شد. (ایسنا، ۱۸ مرداد ۱۳۸۱؛ رادیو فردا، ۲۵ اسفند ۱۳۸۵) 

واکنش خانواده

خانواده‌ی آقای آقایی در شعبه‌ی یک جنایی اداره آگاهی اصفهان برای مفقود شدن او تشکیل پرونده دادند. آن‌ها همراه با سایر مفقود شده‌ها همچنین تا حدود ۶ ماه به صورت مرتب به ستاد خبری اداره اطلاعات اصفهان مراجعه کردند. (مصاحبه‌ی بنیاد برومند، ۹ اسفند ۱۴۰۰) 

وقتی ماموران اداره اطلاعات اصفهان از حضور آقای آقایی در آن اداره اظهار بی‌اطلاعی کردند، خانواده‌ی او به مقامات قضایی، دولتی و مجلس در شهر و استان اصفهان مراجعه کردند. اما تنها جوابی که شنیدند این بود که وزارت اطلاعات کسی را نمی‌رباید.

به گفته‌ی فرد آشنا با یکی از مفقود‌شده‌های اصفهان، خانواده‌ی  آقای آقایی و سایر مفقود شده‌ها تا حدود مهر ۱۳۷۶ به اداره سیاسی، امنیتی و اجتماعی استانداری اصفهان مراجعه کردند و با معاون سیاسی و استاندار اصفهان دیدار کردند. آن‌ها همچنین با فرماندار و رییس دادگستری اصفهان ملاقات و به اداره اطلاعات سپاه، اطلاعات نیروی انتظامی، دادسرای نظام و دیوان عدالت اداری مراجعه کردند. اما از هیچ کدام از این نهادها پاسخی دریافت نکردند. (مصاحبه‌ی بنیاد برومند، ۹ اسفند ۱۴۰۰) 

بعد از علنی شدن نقش وزارت اطلاعات در قتل‌هایی که به نام «قتل‌های زنجیره‌ای» معروف شد، خانواده‌ی آقای آقایی و سایر مفقودشده‌ها از طریق واسطه‌ با کمیسیون اصل ۹۰ مجلس شورای اسلامی (۹) مکاتبه کردند، اما هیچ پاسخی دریافت نکردند. (مصاحبه‌ی بنیاد برومند، ۹ اسفند ۱۴۰۰) 

خانواده‌ی آقای آقایی برای پیگیری این پرونده به تعدادی از وکلا در اصفهان مراجعه کردند، «اما آن‌ها می‌ترسیدند وارد پرونده شوند.» خانواده‌ی آقای آقایی و سایر مفقودشده‌ها بعد از علنی شدن قتل‌های معروف به «قتل‌های زنجیره‌ای» با وکلای آن پرونده مکاتبه کردند. (مصاحبه‌ی بنیاد برومند، ۹ اسفند ۱۴۰۰) 

---------------------------------------

۱) كنار گذاشتن كامل مجاهدین از نهادهای دولتی و بستن نشریات و دفاترشان از طرفی، و تناقض بین تفسیر مجاهدین و تفسیر حكومت از اسلام از طرف دیگر، اختلافات بین آن دو را تشدید كرد به طوری که  رهبران جمهوری اسلامی مجاهدین را «منافق» می‌نامیدند و طرفداران حزب اللهی رژیم، هواداران این سازمان را در هنگام تظاهرات و پخش نشریاتشان آماج حمله خویش قرار دادند و حتی باعث کشته شدن تنی چند از آنها شدند. روز ٣٠ خرداد ١٣٦٠ مجاهدین برای اعتراض به برخورد رژیم با آنها و عزل بنی صدر، رئیس جمهور وقت، تظاهراتی را سازمان دادند که هزاران تن به خیابانها آمدند و برخی از آنان به مقابله با تهاجم پاسداران و افراد حزب اللهی پرداختند. تعداد تلفات آن روز روشن نیست اما تعداد زیادی از تظاهركنندگان دستگیر و در روزها و هفته‌های بعد اعدام شدند. جمهوری اسلامی پس از آن روز سركوب و كشتاری را آغاز کرد كه در تاریخ معاصر ایران بی‌نظیر بوده است و در طی آن هزاران نفر از طرفداران مجاهدین زندانی یا اعدام شدند. سازمان مجاهدین از ٣١ خرداد قیام مسلحانه علیه رژیم را اعلام كرد و پس از آن تعدادی از مسئولان بلندپایه و طرفداران جمهوری اسلامی را ترور کرد. 

در تابستان ٦٠، رهبر سازمان مجاهدین و رئیس جمهور مخلوع (ابوالحسن بنی صدر) از کشور گریختند و در فرانسه مستقر شدند و «شورای ملی مقاومت» را تشکیل دادند. این سازمان پس از اخراج رهبران و تعداد زیادی از هوادارانش از فرانسه، در خرداد سال ١٣٦٦ ارتش رهایی بخش ایران را در عراق پایه گذاری کرد که چندین بار وارد خاک ایران شد. آخرین حمله آن تحت عنوان «عملیات فروغ جاویدان» در مرداد ١٣٦٧ شکست خورد. چند روز پس از شکست این عملیات هزاران نفر از هواداران سازمان که در زندانهای جمهوری اسلامی به سر می‌بردند در کشتار دسته جمعی سال ٦٧ اعدام شدند.  از تابستان ١٣٦٠ به بعد فعالیت های علنی  سازمان مجاهدین خلق ایران در خارج از کشور ادامه یافته است. از دامنۀ فعالیت ها و تعداد اعضا و هواداران کنونی سازمان در داخل کشور اطلاع دقیقی در دست نیست. 

به رغم اعلام مبارزۀ مسلحانه از سوی سازمان مجاهدین خلق در فردای ٣٠ خرداد ١٣٦٠، بسیاری از هواداران این سازمان، تعلیمات نظامی ندیده بودند، مسلح نبودند و در عملیات نظامی شرکت نداشته‌اند. 

۲) بنابر شهادت برخی از زندانیان که در جریان اعدام های  سال ۶۷ در برخی از زندان‌های کشور مورد محاکمه مجدد قرار گرفته‌اند، پس از چند هفته بی‌خبری به دلیل قطع ملاقات‌ها، هواخوری، و اخبار رادیو و تلویزیون، در مرداد و شهریور سال ۱۳۶۷  زندانیان  برای پاسخ به چند سوال در مقابل یک هیئت ویژه ۳ نفری، متشکل از یک قاضی شرع، نماینده‌ای از وزارت اطلاعات و دادستان قرار می‌گرفتند.

هیئت سه نفره طی چند دقیقه پرسش‌هایی درباره نظر زندانی درباره مجاهدین و سر موضع بودن و اینکه آیا زندانی آماده همکاری علیه مجاهدین هست یا نه، می‌پرسیدند و بر اساس جواب‌های زندانیان آنها را با اتهاماتی نظیر «ضد انقلاب، ضد دین، و ضد اسلام» و یا انتساب قربانیان «به عملیات نظامی سازمان مجاهدین در مرزهای کشور» به اعدام محکوم می‌کردند. مسئولان اطلاعی در مورد هدف هیئت از این سؤالات و عواقب جواب‌هایشان به زندانیان نداده بودند. به شهادت زندانیان، در طول تابستان ۱۳۶۷ در زندان‌های کشور تعداد زیادی از زندانیان چپ و هواداران مجاهدین خلق که به نظر هیئت سه نفره بر سر مواضع خود بودند اعدام شدند.

۳) از اولین قتل‌های شناخته شده حدود یک هفته بعد از انقلاب بهمن ۱۳۵۷، قتل آقای پرویز (ارسطو) سیاح سینا، اسقف کلیسایی در شیراز است و ترور آقای شهریار شفیق، افسر نیروی دریایی در آذر ۱۳۵۸ در پاریس از جمله اولین قتل‌های جمهوری اسلامی ایران در خارج از کشور محسوب می‌شود.  این قتل‌ها طی سال‌های بعد در داخل و خارج از کشور به شکل‌های مختلف ادامه پیدا کرد.

۴) در تحقیقاتی که درباره قتل شخصیت‌های شناخته شده در فرانسه، آلمان و سوئیس انجام شده مدارک و اسنادی به دست آمده دال بر مشارکت و مباشرت مقامات و مستخدمین دولت جمهوری اسلامی ایران. در فرانسه معاون وزارت پست و تلگراف جمهوری اسلامی غیابا به جرم قتل دو تن از مخالفین ایرانی به حبس ابد محکوم شد. در آلمان (برلن) ماموران اطلاعاتی جمهوری اسلامی و حزب الله لبنان به جرم قتل چهار تن از مخالفین جمهوری اسلامی در برلن به حبس ابد محکوم شدند. در ارتباط با همین جنایت، مقامات قضایی آلمان یک قرار توقیف بین المللی برعلیه علی فلاحیان، وزیر اطلاعات وقت صادر کردند. دادگاه جنایی برلن، که به این قتل رسیدگی می‌کرد، رسما اعلام نمود که عالی‌ترین مقامات دولت جمهوری اسلامی ایران دستور این قتل را صادر کرده‌اند. بنا به کیفرخواست ارایه شده در این دادگاه تصمیم این قتل در کمیته‌ای به نام «کمیته عملیات ویژه» اخذ شده که اعضای آن عبارتند از: رئیس جمهور، وزیر اطلاعات و امنیت (وواک)، وزیر امور خارجه، نمایندگان دستگاه‌های امنیتی و سایر سازمان‌ها و سرانجام رهبر انقلاب.

۵) چند روز قبل از قتل آقای مختاری، داریوش فروهر و همسرش پروانه اسکندری، رهبران حزب ملت ایران، به طرز فجیعی در منزلشان به قتل رسیده بودند. پس از پیدا شدن پیکر آقای مختاری، جسد محمد جعفر پوینده، که او نیز از چهره‌های سرشناس ادبی‌ بود، در در روستایی نزدیک کرج پیدا شد. پرونده این چهار نفر «قتل‌های زنجیره‌ای» نام گرفت.

۶) فرقان در سال ۱۳٥٥ توسط گروهی از پیروان علی شریعتی با تفسیری مدرن از قرآن تشکیل شد و ظرف مدت کوتاهی به صورت یک گروه مخفی در آمد. نوع فعالیتهای این گروه قبل از انقلاب که به مخفی شدن آنها انجامید کاملا روشن نیست. بر اساس اسناد موجود در آرشیو مركز اسناد انقلاب اسلامی (گردآوری و گزارش شده توسط فردی به نام احمد گودرزی در سایت "بچه‌های قلم")، این گروه در جریان انقلاب با دخالت روحانیت در حکومت و نظام جمهوری اسلامی مخالفت داشت و در دوره کوتاه فعالیت خود پس از انقلاب به چندین ترور و سرقت مسلحانه دست زد (بر اساس این گزارش، اولین فعالیت مسلحانه این گروه بر ضد نظام جمهوری اسلامی در اردیبهشت ۱۳٥۸ صورت گرفت). همین منبع اشاره می‌کند که در دی ماه ۱۳٥۸، اکثر اعضای فرقان با حمله نیروهای كمیته انقلاب اسلامی به خانه‌های تیمی دستگیر شدند و یا در درگیری جان خود را از دست دادند که به متلاشی شدن کامل این گروه انجامید. حداقل ۱٥ مورد اعدام اعضای گروه فرقان در فاصله اسفند ۱۳٥۹ تا بهمن ۱۳٦۰ در اسناد ارائه شده در این منبع ذکر شده است.

۷) سازمان آرمان مستضعفین (سازمان رزمندگان پیشگام مستضعفین ایران) پیش از انقلاب در تابستان سال ۱۳۵۵ بنیان‌گذاری شده بود. این سازمان همچون سازمان مجاهدین خلق از پبروان تفکر علی شریعتی بودند. این گروه پس از انقلاب به فعاليت فكری پرداخته و نشریه‌‌ای به نام آرمان یا پیام مستضعفین منتشر می‌کردند. تعداد اعضای این گروه زیاد نبود و بیشتر در دزفول فعال بودند.‌ آنها مخالف مبارزه مسلحانه بودند و فعالیت‌شان تا بهمن ۱۳۶۰ و تا دستگیری رهبران و اعضایش ادامه داشت. با اینکه رهبران این گروه اعدام نشدند، تعدادی از اعضایش در چند شهر اعدام شدند.

۸) مهرداد عالیخانی، از متهمان اصلی قتل‌های زنجیره‌ای در اعترافات خود گفته بود که سعید امامی، معاون امنیت وزارت اطلاعات در سال‌های ۱۳۶۸ تا ۱۳۷۷ از او خواسته بود: «حالا اگر یک وقت رفتی مراقب باش به کارهای گذشته اشاره نکنی حداقل به آن کارها کار نداشته باش.» (حزب مرز پرگهر، نقل شده در پژواک، ۱۲ مرداد ۱۴۰۰)

۹) کمیسیون اصل نود یکی از کمیسیون‌های تخصصی مجلس شورای اسلامی است که وظیفه‌ی آن اجرای اصل ۹۰ قانون اساسی جمهوری اسلامی است. طبق این اصل، هر شخصی که شکایتی از طرز کار مجلس یا قوه مجریه یا قوه قضائیه داشته باشد، می‌تواند شکایت خود را کتباً به مجلس شورای اسلامی عرضه کند. مجلس موظف است به این شکایات رسیدگی کند.