سرلشگر رضا ناجی یکی از ۴٣٨ نفریست که اعدامشان در گزارش اسفند ۱۳۵۸ سازمان عفو بین الملل اعلام شده است. سازمان عفو بین الملل بر مبنای گزارش های رسانه های ایرانی وخارجی و خبرگزاری رسمی پارس لیستی از متهمانی را که دادگاه های انقلاب از زمان تأسیس تا مرداد ۱۳۵۸ محکوم کرده اند تهیه کرده و در این گزارش منتشر کرده است. خبر اعدام آقای رضا ناجی وسه متهم دیگرهمچنین توسط روزنامه های آیندگان و کیهان (٢٨ بهمن ١٣۵٧)، گزارش شد. این گزارش حاوی بیانیه ای از دادگاه فوق العاده انقلاب اسلامی راجع به این اعدام بود. قضیۀ محاکمه و اعدام سرلشگر ناجی  همچنین در کتاب خاطرات آیت الله خلخالی، اولین قاضی شرع بعد از انقلاب، و رئیس دادگاه های انقلاب اسلامی، مطرح شده است ("ایام انزوا"، جلد اوّل، صفحه ٣۵٢).

دستگیری و بازداشت

طبق بیانیه دادگاه فوق العاده، متهم توسط" نیرو های مسلح اسلامی" دستگیر شده بود. از جزئیات دستگیری و بازداشت وی اطلاعی در دست نیست.

دادگاه

بر اساس گزارش آیندگان، دادگاه انقلاب اسلامی فوق العاده در دبیرستان شماره ٢ علوی تشکیل جلسه داد که در حدود ١٠ ساعت بطول انجامید. جلسۀ دادگاه غیر علنی بود و تعداد محدودی از افراد در آن حضور یافته بودند. گزارش روزنامۀ کیهان خاطر نشان ساخت که فرمان تشکیل این دادگاه از دو روزپیش (دو روز پس ازپیروزی انقلاب) صادر شده بود. در این جلسه ده ساعته، متهم و ٢٤ نفر دیگر محاکمه شدند. در گزارش جلسه دادگاه به حضور شهود دادستانی اشاره شده ولی خبری از شهادت به نفع متهمین و یا حضور وکیل مدافع نیست: "... این گروه ۲۵ نفری در حالی که نام ... خود را در روی سینه هایشان حمل می کردند به سخنان رئیس دادگاه عدل اسلامی گوش فرا دادند... در آن سوی دادگاه ۳ نفر قاضی خوش نام دادگستری، آقای عدالتی از جامعه روحانیون مبارز، نماینده مخصوص امام خمینی، آقای دکتر یزدی یکی از اعضای شورای ۹ نفره انقلاب، جنایتکاران را به محاکمه کشیدند."  آقای ناجی جزو اولین گروه افسران رژیم سابق بود که پس از پیروزی انقلاب محاکمه شدند. سال ها بعد، صادق خلخالی، قاضی شرع این دادگاه در خاطرات خود (ایام انزوا)، در مورد محاکمه آقای ناجی و متهمان دیگر نوشت: " اینجانب، پس از دریافت حکم، به محاکمه مجرمین درجه یک پرداختم، اوّلین کسانی که در دادگاه محاکمه و به جزای عمل خود رسیدند، عبارت بودند از: نعمت الله نصیری، رئیس سازمان ساواک و خسروداد، فرمانده هوانیروز و ناجی، فرماندار نظامی اصفهان و رحیمی، فرماندار نظامی تهران و رئیس شهربانی کلّ کشور..."

در گزارش خبرنگار کیهان (ص. ۱) همچنین آیه ای از قرآن بر دیوار دادگاه در پسزمینه عکس متهمین دیده می شود. متن آیه از این قرار است:

"بنام خدای شکننده جباران و ستمگران – ای کسانیکه عقل و فکر دارید، بدانید که قصاص (...) برای شما حیات بخش است (...). هر کسی مؤمنی را با تعمد بکشد، جزایش جهنم است و همیشه در جهنم به عذاب گرفتار خواهد بود. آنکس که یک نفر را بکشد، مثل اینست که همه مردم را کشت."

اتهامات

بیانیه دادگاه فوق العاده جرم متهمان را به طور کلی "شکنجه و کشتار مردم" و "خیانت به کشور" ذکر کرد. در این بیانیه اشاره ای به اتهامات شخص آقای ناجی به طور مشخص نشده است. صادق خلخالی در مور اتهام متهمان، "افساد فی الارض"، چنین نوشت (ایام انزوا): " مفسد فی الارض؛ یعنی کسی که به گسترش فساد در روی زمین بکوشد و به توسعه آن کمک کند. فساد هم یعنی چیزی که موجب انحطاط و نابودی و انحراف جامعه از اصل طبیعی آن باشد. افرادی که اعدام شدند، در گسترش فساد و فحشا و رواج هرویین و تریاک و بی بندوباری و لامذهبی و آدم کشی و خیانت و چاپلوسی و خلاصه، همه اوصاف رذیله کوشیدند. گرفتاری آن ها از آن زمان بیشتر شد که با دیدن انقلاب ملّت، هیچ توبه نکردند. من عقیده داشتم و حالا هم معتقدم که تمام وکلای مجلسین شورا و سنا و همه استانداران و رؤسای ساواک و شهربانی که از سال ۴٢ به بعد و پس از تحریم امام بر سر کار بودند، محکوم به اعدام می باشند. ... مدیران کلّ، در وزارتخانه ها که خود، عامل اصلی بقای دستگاه بودند و به خاطر تقرّب به شاه و خانواده او به هر ذلّتی تن می دادند، محکوم هستند."

مدارک و شواهد

از مدارک ارائه شده علیه متهم اطلاعی در دست نیست.  در گزارش خبرنگار کیهان، اشاره به شهادت شهود دادستانی شده اما جزئیات اظهارات این شهود گزارش نشده است: "... شهود عینی، خانواده هایی که هر یک چندین داغ به سینه دارند، یار و مددکار دادرسان دادگاه هستند. گوئی هیچ نقطه ابهامی وجود ندارد."  

بر اساس اظهارات قاضی شرع (ایام انزوا)، همکاری با رژیم سابق پس از سال ۱۳۴۲ از دلایل جرم علیه متهم بشمار آمده است:  " من عقیده داشتم و حالا هم معتقدم که تمام وکلای مجلسین شورا و سنا و همه استانداران و رؤسای ساواک و شهربانی که از سال ٤٢ به بعد و پس از تحریم امام بر سر کار بودند، محکوم به اعدام می باشند ...مدیران کلّ، در وزارتخانه ها که خود، عامل اصلی بقای دستگاه بودند و به خاطر تقرّب به شاه و خانواده او به هر ذلّتی تن می دادند، محکوم هستند."

دفاعیات

گزارش کیهان از این محاکمه اشاره ای به دفاعیات متهم و یا شهادت شهود به نفع وی و حضور وکیل مدافع نمی کند: "فضای دادگاه در زیر رگبار هزاران سؤال... غیر قابل تحمل شده. همه آنها به سختی نفس می کشند... و(متهمین) خود نیز انکار نمی کنند و مرگ را در مقابل خود می بینند".

حکم

بر اساس بیانیۀ دادگاه، آقای ناجی به عنوان "مفسد فی الارض" مجرم شناخته شد و" بر اساس موازین و مقررات اسلامی" به مرگ و مصادره اموال محکوم گردید. در خاطرات صادق خلخالی در مورد صدور  حکم چنین آمده است: " حکم اعدام آنها را اینجانب صادر کردم. ....همه افرادی که در دادگاه های انقلاب محکوم به اعدام شدند، از مصادیق بارز «مفسد فی الارض» بودند و تحت همین عنوان هم اعدام شدند... به حکم قرآن خونشان هدر بود. آنان یا از هزار فامیل بودند، یا فراماسون بودند و یا ساواکی و ایران فروش و جامعه بر باد ده. نمی شد یکی از آنها را به حکم قرآن تبرئه کرد...."

پس از صدور حکم به اتفاق آراء، اعضای دادگاه به حضور آیت الله خمینی رفتند و وی حکم صادره را بحکم آیه "مفسدین فی الارض" تایید نمود. آقای ناجی را، سپس، با چشم بسته به حیاط دبیرستان آوردند و "مراسم تیرباران" در ساعت ١١ و ۴۵ دقیقه روز محاکمه به اجرا گذاشته شد.